Christopher Columbus đã khám phá vùng này năm 1502 khi đang tìm lối đi Thái Bình Dương. Tên ban đầu ông đặt cho vùng này là Isla del Drago. Trong thời kỳ thuộc địa, Bocas del Toro thuộc Veraguas. Trong thời kỳ liên hiệp với Colombia, chính quyền lập khu bảo tồn ở đây có tên Bocas del Toro vào năm 1834. Năm 1850, Bocas del Toro trở thành một phần của Chiriqui, sau đó tách ra thành một phần của Colon. Ngày 16 tháng 11 năm 1903, Bocas del Toro được tách khỏi Colon và trở thành tỉnh riêng. Năm 1941, Bocas del Toro được chia thành 2 huyện Bocas del Toro và Crimamola.